Segundo informações do Departamento de Polícia de Nova York, pelo menos 200 pessoas foram presas.
Já os organizadores afirmam que o número está mais perto de 300.
O protesto foi convocado pela unidade de Nova York da organização não governamental Jewish Voice for Peace.
A ONG afirmou que milhares de seus membros compareceram ao protesto, e que esta foi "a maior desobediência civil que a cidade de Nova York viu nos últimos 20 anos".
O grupo já havia realizado outro protesto em Washington duas semanas atrás, onde outras centenas de manifestantes também foram presos.
Vídeos do local mostram uma grande aglomeração de pessoas no terminal ferroviário e metroviário.
A grande maioria utiliza camisas com frases como "Not in our name" e "Jews say cease fire now" ("Não em nosso nome" e "Judeus pedem por um cessar-fogo já", em tradução livre). As imagens também mostram faixas e cartazes com os dizeres "Os palestinos deveriam ser livres" e "Lamentar os mortos, lutar desesperadamente pelos vivos".
Outros vídeos mostram dezenas de manifestantes em filas, sendo algemados e detidos pelas forças policiais da cidade.
A manifestação foi iniciada com o acender de velas de Shabat e a recitação de uma oração judaica dedicada aos mortos, conhecida como Kadish.
"Embora o Shabat seja tipicamente um dia de descanso, não podemos nos dar ao luxo de descansar enquanto o genocídio se desenrola em nossos nomes", disse o rabino May Ye, em um comunicado divulgado pelos organizadores.
"As vidas dos palestinos e dos israelenses estão interligadas e a segurança só pode vir da justiça, da igualdade e da liberdade para todos", disse o rabino.