De acordo com o G1, Toffoli mandou investigar se a Transparência Internacional recebeu e administrou parte dos valores obtidos com multas pagas em acordos firmados pela Operação Lava Jato comandada pelo ex-magistrado e atual senador Sergio Moro (União Brasil-PR).
A criação e fundação de uma entidade privada para gerir recursos públicos que teriam origem no pagamento de multa às autoridades brasileiras, era "duvidosa" e, com base em um notícia-crime apresentada pelo deputado federal Rui Falcão (PT-SP), o ministro tomou a decisão de requisitar à ONG informações sobre o caso.
O acordo estipulado pela Operação Lava Jato — que investigou um escândalo de lavagem de dinheiro e corrupção envolvendo agentes políticos e empresariais — previa que a empreiteira Novonor (antiga Odebrecht) pagasse R$ 8,512 bilhões ao governo federal, estados, municípios e a autoridades dos Estados Unidos e da Suíça, em até 23 anos.
O acordo estipulava que os recursos fossem aplicados em investimentos sociais e a decisão de Toffoli vai no sentido de que sejam apresentados dados sobre como a Transparência Internacional atuou neste período e se geriu parte dos recursos, determinando que o Tribunal de Contas da União (TCU) e a Controladoria-Geral da União (CGU) participem da investigação.
De acordo com um executivo da Transparência Internacional ouvido pela mídia, a entidade "nunca recebeu, nem receberia nada" porque não apenas não recebeu qualquer recurso, como ofereceu estudo ao Ministério Público Federal recomendando que a força-tarefa não determinasse a destinação de recursos eventualmente obtidos em acordos de leniência.
Ainda na semana passada, Toffoli suspendeu multas impostas e autorizou a empreiteira Novonor a pedir renegociação no acordo de leniência firmado com o Ministério Público em 2016 no âmbito da Operação Lava Jato.