Segundo publicou o jornal Folha de São Paulo, o pedido de inquérito foi encaminhado à Polícia Federal para apurar acusações de corrupção passiva, peculato e advocacia administrativa. As acusações são baseadas em reportagens do jornal paulista que apontaram que Wajngarten estaria se beneficiando de contratos da Secom, o que é proibido.
O atual chefe da Secom tem participação majoritária em uma empresa que recebe recursos de agências contratadas pela própria Secom. Conforme revelou o jornal, durante a gestão de Wajngarten, tais empresas passaram a receber ainda mais verbas dos contratos com o governo.
O chefe da Secom também é alvo de processo administrativo no Tribunal de Contas da União (TCU) por direcionar verbas para emissoras de televisão que seriam próximas do governo, como SBT, Record e Band.
A Comissão de Ética Pública da Presidência também avalia a gestão de Wajngarten baseada em denúncias de PT, PCdoB e PSOL, além do próprio presidente da comissão, Paulo Henrique dos Santos Lucon.
Wajngarten foi nomeado pelo presidente Jair Bolsonaro em abril de 2019, substituindo Floriano Amorim.