Trump planejava visitar o país após sua participação no final do mês na cúpula do G20 em Buenos Aires, Argentina, onde sua estadia incluirá um jantar com o presidente chinês Xi Jinping.
"A agenda do presidente Trump não permitirá que ele viaje à Colômbia no final deste mês", disse a Casa Branca em comunicado.
É a segunda vez este ano que Trump cancela uma viagem planejada para Bogotá.
O presidente dos EUA havia programado visitar a capital colombiana em abril depois de participar da Cúpula das Américas em Lima, Peru, mas permaneceu em Washington para se concentrar em responder a um ataque com armas químicas na Síria.
Trump se reuniu com o presidente colombiano Iván Duque à margem da Assembléia Geral da ONU no dia 25 de setembro, disse a Casa Branca.