O conflito mortal ocorreu na segunda-feira no distrito de Yautepec, quando membros de uma associação de terra comunal "foram atacados" por membros de um grupo vizinho depois de entrar em uma zona disputada, disseram promotores em comunicado.
Dois dos mortos eram mulheres e outra pessoa foi ferida, segundo as autoridades locais.
Várias dezenas de policiais foram enviados para a área após o incidente.
O estado de Oaxaca, um dos mais pobres do México, abriga inúmeras comunidades indígenas que lutam pelo direito à terra. Os dois grupos envolvidos no episódio desta semana estão em conflito desde a década de 1970.